Истог дана настављени су удари и на друге делове Србије. У Београду су поново гађани аеродром у Батајници и подручје Стражевице. Нови Сад био је мета напада на рафинерију нафте, што је изазвало нове еколошке ризике.
Шести април 1999. године, четрнаести дан НАТО операције против Савезне Републике Југославије, остао је упамћен као један од најтежих дана бомбардовања, како због трагедије у Алексинцу, тако и због симболике датума који се поклапа са годишњицом бомбардовања Београда 1941. године. Током тог дана настављени су интензивни ваздушни удари широм земље.
Најтеже последице осетили су становници Алексинца. Иако су пројектили пали претходне вечери, током 6. априла настављене су акције спасавања и идентификације жртава. Погинуло је најмање 11 цивила, док је више од 50 људи рањено. Погођен је центар града, уништено је око 700 стамбених објеката, а страдале су читаве породице. Напад је касније описан као техничка грешка приликом гађања оближњег војног објекта.
Истог дана настављени су удари и на друге делове Србије. У Београду су поново гађани аеродром у Батајници и подручје Стражевице. Нови Сад био је мета напада на рафинерију нафте, што је изазвало нове еколошке ризике. У Панчеву је настављено бомбардовање индустријског комплекса, уз ослобађање токсичних материја, док је у Лучанима поново гађана фабрика хемијских производа. Напади су изведени и на подручју Косова и Метохије, укључујући околину Приштине, Призрен и аеродром Слатина.
Поред војних циљева, пажњу светске јавности привукле су и информације о тројици америчких војника које је Војска Југославије заробила неколико дана раније. У домаћим медијима посебно је истицана симболика датума, уз паралеле са бомбардовањем Београда 6. априла 1941. године.
Еколошке последице биле су значајне, јер су удари на индустријска постројења довели до повећаних концентрација штетних материја у ваздуху и води. Изливање нафте и сагоревање хемијских супстанци оставили су дугорочне последице по животну средину и здравље становништва.
